Sisu
Agaroosi geelelektroforees on teaduslik protseduur, mida kasutatakse nukleiinhapete uuringutega seotud uurimis- ja diagnostikaprojektides. See võimaldab teadlasel või tehnikul eraldada laetud nukleiinhappemolekulid, nagu DNA, vastavalt nende suurusele ja seda kasutatakse eksperimendi abil saadud toodete, näiteks polümeraasi ahelreaktsiooni analüüsimiseks. Seda kasutatakse rutiinselt, sest see on odav joosta, kiire protsess ja võimaldab analüüsida analüüsitava nukleiinhappe taaskasutamist.
Geeli valmistamine
Koguge kõik vajalikud esemed ja puhastage need 70% etanooliga. Siia kuuluvad geeli valatud salv, kleeplint, labori agaroos, kolvid või silindrid, 10x kontsentratsioon (Tris-boraat-EDTA, TBE) puhver, etiidiumbromiid, värv ja analüüsitav proov. Veenduge ka, et teil on geelelektroforeesi reservuaar ja toiteallikas. Agaroos valmistatakse sobiva koguse analüüsitava DNA lindi kaalumisel, segades selle TBE puhvriga ja sulatades mikrolaineahjus. Üldiselt on 1% kuni 2% lahus piisav, et katta mitmeid DNA molekulaarseid bioloogilisi ahelaid. Väikesed DNA-d vajavad rohkem kontsentreeritud geele, samas kui suurematele on vaja rohkem lahjendatud geele. Agaroosilahus segatakse etiidiumbromiidiga, mis seondub elektroforeesi käigus nukleiinhappega. See lahus valatakse geeli sulatamisalusele, nagu on paigutatud vormimis-kamm ja segu jäetakse tahkestuma.
Sisestage ja aktiveerige geel
Geel eemaldatakse plaadist ja sukeldatakse geelelektroforeesi reservuaari, mis sisaldab jooksupuhvrit. Analüüsitavad proovid segatakse värvainetega ja paigutatakse kammiga loodud geeli süvenditesse. Lisatakse ka marker või skaala, mis võimaldab uurijal näha elektroforeesi edenemist ja määrata tekkinud fragmentide suurust. Seejärel kantakse geelile elektrivool, mis sunnib proovi migreeruma geeli ühest otsast teise. Selle protsessi käigus eralduvad proovis olevad nukleiinhapped erineva suurusega fragmentideks, kusjuures suuremad molekulid lähevad kaevule lähemale ja väiksemad molekulid liiguvad geeli teise otsa.
Analüüsige geeli
Pärast elektroforeesi protseduuri lõpetamist eemaldatakse geel reservuaarist ja asetatakse UV-transilluminatorisse, mis valgustab fluorestseeruva etiidiumbromiidiga seonduvaid nukleiinhappe fragmente. Sellest on tehtud foto ja nukleiinhapete ribasid saab mõõta vastavalt geeli läbitud vahekaugusele. Skaala eraldab need tuntud suurusega ribadeks ja neid saab kasutada uurija juhendamiseks analüüsi ajal.