Lüüsipuhvrite komponendid

Autor: Eric Farmer
Loomise Kuupäev: 12 Märts 2021
Värskenduse Kuupäev: 11 Mai 2024
Anonim
Lüüsipuhvrite komponendid - Teadus
Lüüsipuhvrite komponendid - Teadus

Sisu

Lise on kreekakeelne sõna ja tähendab lihtsalt "jagama" või "lagunema". See on hea kirjeldus reaktsioonist, mis toimub rakkudega lüüsipuhvris, lahuses, mis lagundab neid sisu eraldamiseks. Teadlased kasutavad neid lahuseid DNA või valkude eraldamiseks raku analüüsimisel, eriti bakterite puhul. Rakulüüsi puhvri tüüp varieerub sõltuvalt katse tüübist, kuid mainime mõningaid levinumaid valikuid.

Puhver ja sool

Puhverlahused stabiliseerivad pH-taset, rakud läbivad lüüsiprotsessi. Tris-HCL lahus on kõige tavalisem puhver pH tasemel 8 puhverdamiseks, kui soovitakse pH-d. HEPES on nende katsete teine ​​levinud puhverlahus. Naatriumkloriidi võib lisada ka ioontugevuse, lahustunud ainete üldkontsentratsiooni suurendamiseks väljaspool rakke. Viimane on oluline, kuna vesi võib levida kõikidesse rakumembraanidesse alates madala lahustunud aine kontsentratsiooniga piirkondadest kuni kõrge kontsentratsiooniga piirkondadeni.


Pesuaine

Pesuvahend on peamine koostisosa, mis lahustab rakumembraani, nii et sisu pääseb välja. Pesuvahendid on amfipaatilised molekulid, see tähendab, et ühe otsaga on veemolekulidega hõlpsasti vastastikune mõju, samas kui teine ​​hüdrofoobne ots ehk "mis kardab vett" seda vastastikmõju ei tee. Nad suudavad rasvu lahustada, moodustades mitselle, väikesi rühmi, milles detergendi molekulide hüdrofoobsed sabad osutavad rasva molekulidele sissepoole. Tavalised detergendid on naatriumdodetsüülsulfaat või SDS, NP-40 ja tritonX.

Kelaativad ained ja inhibiitorid

Lüüsipuhvrid sisaldavad tavaliselt ka kelaativaid aineid nagu etüleendiamiin-tetraäädikhape (EDTA) või retüleenglükool-tetraäädikhape (EGTA). Need kemikaalid seonduvad metalliioonidega +2 laenguga (näiteks magneesium ja kaltsium), muutes need teiste reaktsioonide jaoks kättesaamatuks. Paljud DNA-id (valgud, mis närivad DNA-d) ja proteaasid (valgud, mis lõikavad teisi valke) vajavad toimimiseks magneesiumioone, nii et jättes need peamisest koostisosast, EDTA-st ja EGTA-st ilma, aitavad need vähendada proteaasi või DNAse aktiivsusest. Kuid need ei välista neid täielikult ja mõned proteaasid ei sõltu magneesiumi kofaktoritest, mistõttu lüüsipuhvrid sisaldavad mõnikord ka proteaasi inhibiitoriteks nimetatud aineid, mis seonduvad sellega ja takistavad selle korralikku toimimist.


Leeliseline lüüs

Leeliseline lüüs on plasmiidide bakteritest puhastamise väga levinud tehnika. See meetod tähendab kolme lahenduse kasutamist. Esimene sisaldab glükoosi, tris-HCL puhvrit, EDTA ja RNA-sid. Glükoos tekitab väljaspool baktereid suure kontsentratsiooni lahustunud ainet, nii et need muutuvad kergelt lõtvaks, hõlbustades lüüsiprotsessi. EDTA ja tris-HCL toimivad nagu eelnevalt kirjeldatud, samal ajal kui RNAse närib kogu raku sees olevat RNA-d, et see teelt eemale saada. Teine lahendus teeb efektiivselt rakkude lüüsi. See sisaldab detergenti SDS ja NaOH, mis tõstab pH tasemeni 12 või üle selle, denatureerides rakus olevad valgud ja põhjustades DNA eraldumise lihtsateks kiududeks. Kolmas lahus sisaldab kaaliumatsetaati, et taastada pH neutraalsemale tasemele, et plasmiidse DNA ahelad saaksid kokku tulla. Vahepeal denatureeritud valgud kokku ja sadestuvad, samal ajal kui dodetsüülsulfaadi ioonid liituvad kaaliumioonidega, moodustades lahustumatu ühendi, mis võib ka lahusest välja sadestuda.