Sisu
Elektroforeesimeetodid eraldavad DNA-molekulid nende suuruse alusel; sarnased meetodid valkude jaoks võivad nende suuruse või laengu alusel eraldada. Mõlemal juhul valmistatakse geel, mille kaudu molekulid migreeruvad, kasutades puhverlahust, kemikaali, mis toimib pH stabiliseerimiseks. Kate täidab mitmeid olulisi elektroforeesi ülesandeid.
Praegune
Elektroforeesi geel toimib puhverdatud sukeldatud geeliplaadile elektrivoolu rakendamisega. DNA molekulid on negatiivselt laetud ja valke saab negatiivselt laetud, denatureerides neid esmalt ja seejärel töödeldes neid naatriumdodetsüülsulfaadiga (SDS). Valgud või DNA molekulid migreeruvad negatiivselt laetud katoodist positiivselt laetud anoodile. Vesi on siiski üsna kehv sõiduk, mis voolab kiiresti - see voolab tõhusalt ainult siis, kui aine selles lahustub, kuna laetud ioonid liiguvad elektriväljas. Puhverlahusel on kõrgem ioonide kontsentratsioon (kõrgem ioontugevus), nii et see võib kanda palju rohkem voolu kui puhas vesi.
PH muutus
PH mõõdab vesiniku iooni kontsentratsiooni. PH muutus võib muuta molekulide, nagu valk või DNA, netolaengut, põhjustades aeglasema (või kiirema) migratsiooni. Seda seetõttu, et nendel molekulidel on põhiosad, mis aktsepteerivad vesinikioone (prootoneid) ja palju happelisi osi, mis võivad prootoneid annetada. Kui hape annetab prootoni, muutub see negatiivseks; kui alus aktsepteerib prootonit, siis vastupidi, see laeb positiivselt. Kuna vesinikuioonide kontsentratsioon lahuses suureneb, muutuvad valgud ja DNA vähem negatiivselt laetud (või rohkem positiivselt laetud). PH-d, mille juures molekulil, nagu valk, ei ole laengut, nimetatakse isoelektriliseks punktiks. Puhvrid stabiliseerivad geelis pH tasemel, kus DNA on negatiivselt laetud ja migreerub vastavalt soovile.
Stacking geel
Puhvritel on veelgi keerulisem roll sellises elektroforeesis, mida nimetatakse SDS-PAGE, või naatriumdodetsüülsulfaadiks, polüakrüülamiidi geelelektroforeesiks. See on üks kõige tavalisemaid valgu analüüsi meetodeid. Nad denatureeritakse kuumtöötlemisega ja seejärel kaetakse naatriumdodetsüülsulfaadiga ning lisatakse seejärel geelile, mis tavaliselt kulgeb vertikaalselt. Geelil on kaks piirkonda, millest üks on virnastatav (ülemises osas) ja see, mis töötab allpool. Kogumisgeel valmistatakse erineva puhvriga nii, et selle pH on madalam kui jooksvale geelile, lisaks on selle ioontugevus väiksem. Need kaks tegurit põhjustavad valgu virnastamist, nii et see läheb kõik jooksva geeli juurde samal ajal. See efekt aitab tagada valkude eraldumise geelis vastavalt nende suurusele.
Kapsli DNA elektroforees
Kaks kõige levinumat DNA geeli elektroforeesi puhvrit on trisetaatsetaat EDTA ja tris-boraat EDTA, kus EDTA tähistab etüleendiamiintetraäädikhapet. See on oluline, sest see toimib magneesiumioonide kelaatijana, eemaldades need lahusest. Need ioonid on olulised kofaktorid ensüümidele, mida nimetatakse DNA-deks, mis murdavad DNA-d, nii et puhvris olev EDTA toimib täiendava ettevaatusabinõuna, et vältida probleeme DNA-dega.